Az önálló fejfájásszindróma sokkal ritkább, mint a tünetként jelentkező fejfájás. Ezért, ha a beteg fejfájásra panaszkodik, minden esetben fel kell térképezni annak hátterét. A fejfájásokat javarészt belgyógyászati probléma, magas vagy alacsony vérnyomás, pajzsmirigy-működési zavar, ionháztartási zavar, mozgásszervi probléma okozza.